O programa dispõe dos seguintes laboratórios para pesquisa: 

• Laboratório de Pleura - 10º andar - Bloco II - InCor - Tel: (11) 2661 - 5115
• Laboratório de Ventilação em Modelos Mecânicos - Prédio dos Ambulatórios - PAMB - 2º andar e Sub-Solo - InCor - Tel: (11) 2661 - 5389 / 6107
• Laboratório de Fisiologia Pulmonar -  Ambulatório - Bloco 1 - InCor e Prédio dos Ambulatórios - PAMB - 2º andar - Tel: (11) 2661 - 5802 / 6107
• Laboratório de Ventilação em Modelos Animais (LIM-09)  - FMUSP - 2º andar - Salas 2144 - Tel: (11) 3061-7361 / 3083 - 2310 - ramais: 202 e 7151
• Laboratório do Sono - 7º andar - Bloco 1 - InCor - Tel: (11) 2661 - 5486
• Laboratório de Músculo - Sub-Solo - InCor - Tel: (11) 2661-5389

Além desses laboratórios específicos da Disciplina, deve-se referir as parcerias existentes com a Divisão de Experimentação, com o Laboratório de Biologia Molecular e com o Serviço de Avaliação Hemodinâmica Invasiva, todos no Instituto do Coração, além do Laboratório de Citologia do Instituto Central do HCFMUSP. Há ainda extensa colaboração científica com os Laboratórios de Anatomia Patológica e de Poluição Atmosférica, ambos da FMUSP.